由于反滲透設備的優越性，使其應用更加的廣泛。為了避免用戶遭受損失，在使用反滲透設備一段時間后要對設備進行清洗，這樣就可以避免嚴重問題的出現。
①低壓沖洗反滲透設備
當設備使用過一段時間后，定期對反滲透設備進行大流量、低壓力、低ｐＨ值的沖洗，有助于對附著在膜表面的污垢的清除，從而維持膜性能，或當反滲透設備進水，SDI突然升高并超過5.5時，應進行低壓沖洗，待SDI值合格后，再開機。
②反滲透設備停運保護
由于生產的波動，反滲透設備不可避免的要經常停運，短期或者長期的停止使用時，必須要采取保護措施，不適當的處理會使得膜性能下降并且不可以再恢復。
若是15D以下的系統短期停運，可采用每1～3ｄ低壓沖洗的方法來保護反滲透設備。實驗證明，水溫20℃以上時，反滲透設備中的水存放3ｄ就會發臭變質，有大量細菌繁殖。因此，建議水溫高于20℃時，每2ｄ或1ｄ低壓沖洗一次，水溫低于20℃時，可以每3ｄ低壓沖洗一次，每沖洗完后需關閉凈水設備反滲透裝置上所有進出口閥門。
長期停用保護適用于停運15ｄ以上的系統，這時必須用保護液（殺菌劑）充入凈水設備反滲透裝置進行保護
③.反滲透膜化學清洗
在正常運行條件下，反滲透膜也可能被無機物垢、膠體、微生物、金屬氧化物等污染，這些物質沉積在膜表面上會引起凈水設備反滲透裝置出力下降或脫鹽率下降、壓差升高，甚至對膜造成不可恢復的損傷，因此，為了恢復良好的透水和除鹽性能，需要對膜進行化學清洗。
反滲透設備一般3～12個月清洗一次，倘若每個月不得不清洗一次，這說明應該改善的預處理系統，需要對運行參數進行調整。如果1～3個月需要清洗一次，則需要提高設備的運行水平，而預處理系統則不一定需要改進。
定期對反滲透設備進行清洗，能保證膜性能不會被破壞，繼續保持反滲透設備的優越性。
