在安裝完工業反滲透純水設備之后，要先打開水龍頭管路上的電鍍球閥，并且關閉反沖球閥，然后將壓力桶球閥打開；將變壓器電線插頭插入到電源插座中，此時泵浦就會開始啟動，此時的反滲透設備也就開始工作制水。
當反滲透設備開始工作后，要對排出的初濾水進行檢查。制水時，過濾后的純水會進入到壓力桶中，除此之外，逆滲透膜管的初濾水經過廢水比例器管路排出。打開反沖球閥，檢查是否有較多的初濾水排除后再將其進行關閉。
使用反滲透純水設備制備純水需要較長的時間才可以將壓力桶填滿，為了快速確知其動作，需要在5分鐘后將壓力桶球閥關閉，此時管線內的壓力將會增高到一定的值，高壓開關應起跳而使高壓泵停止運轉。然后打開鵝頸龍頭進行放水，高壓泵應自動開始啟動進行運轉。如此反復動作幾次之后，檢查高壓泵是否會自動啟動和停止。確認動作正常之后，打開壓力桶球閥。
將自來水管路上的電鍍球閥關閉，表示預設無水或缺水時狀態，則低壓開關應動作而使高壓泵自動停止，以防止高壓泵無水空轉而損壞。試動作正常后，再打開水源管路上的電鍍球閥。 試運轉 5~10 分鐘后，關閉壓力桶球閥，高壓泵自動停止后，檢查是否有水從初濾水排出管連續不停流出。如有流出的情形，表示四面閥或逆止閥有故障，應更換或排除故障。
在反滲透設備的運轉過程中，自動啟動和停止之后，應對所有的零件、組件、接頭處進行檢查，看是否存在有漏水的現象。當一切都正常之后，使得反滲透設備運行制水，檢查水龍頭的水質是否已經達到標準。完成安裝以及調試之后，讓反滲透純水設備正常的運轉十分鐘左右，再將水龍頭打開，將初期所造之水完全流掉，使得壓力桶得到清洗，然后再將水龍頭關閉，此后再使用的水便是甘甜可口的安全飲用水了。
