在反滲透設備進行海水淡化操作時，往往需要在水中加入阻垢劑與殺菌技術來阻止膜出現結垢現象并將水中的細菌去除。添加進反滲透純水設備中的阻垢劑必須要保證能夠與絮凝劑相溶，否則會出現反滲透膜堵塞的現象。而且所添加的藥量一定要適當，否則很容易造成反滲透膜的污染。
添加阻垢劑的時間一般是在反滲透設備的預處理階段，可以有效的將水質中容易結垢的物質以及大顆粒的雜質進行處理，從而使原水水質達到反滲透純水設備的進水水質標準，以避免在反滲透膜上出現結垢的現象。使用阻垢劑可以有效的控制無機物的結垢現象，可以有效的抑制硅得沉淀，而且阻垢劑易于溶解而且具有很好的穩定性，不會與鐵鋁氧化物形成不容物。
在反滲透設備的預處理設備中有專門投入阻垢劑的加藥箱，會定時定量的向原水中添加，加藥量與反滲透純水設備的流量成正比。加入了反滲透阻垢劑之后可以有效的減輕反滲透設備的壓力，保證反滲透設備的正常運行，并且保證反滲透膜的使用壽命。
在經過了反滲透設備的脫鹽處理之后，就需要進行殺菌操作了，一般情況下，我們所喝的飲用水都是經過了紫外線殺菌處理的，小容量的用水一般是通過二氧化碳以及臭氧來達到殺菌的目的，在工業生產中對水進行殺菌一般采用氯氣以及次氯酸鈉來進行，也可能會使用二氧化氯和臭氧來進行殺菌。外購的氯氣通常是用鋼瓶貯存，用加氯機投加，電解食鹽得到的是次氯酸鈉，不需要專用投加設備，也可以送入到被處理的水質當中。 多余的臭氧可以使用活性炭來進行置換反應吸收處理，在使用氯酸鈉的時候要謹慎小心，因為有爆炸的危險。
在反滲透設備的水處理工藝中，除了需要對脫鹽后的水進行殺菌操作外，還需要在反滲透純水設備停用時對設備進行殺菌操作，通常在停機48小時內可以使用原水進行沖洗操作，超過了48小時的設備需要采用專用的殺菌劑來進行殺菌操作。
