盡管人工濕地系統有著低耗高效、技術含量要求低的種種優點。但其不足之處也是十分明顯的。首先，濕地系統的出水水質在很大程度上受到環境因索的影響。在當前對出水水質要求更加嚴格的形勢下.如何做到在不斷變化的外部環境因未下，有效地控制濕地系統的運行從而取得穩定達標的出水這一問題待解決。另外，濕地系統在處理難降解廢水時能力顯得不足，出水水質較差，如何改進工藝從而盡可能地提高其凈化能力也是目前面臨的研究課題。
針對上面的問題，研究人員對人工濕地系統進行了進一步的研究，目前已取得了許多新進展，并提出了工程濕地(engineered wetland)的概念。工程濕地屬于人工濕地的概念范疇.但又對人工很地作了許多改進。在上程濕地系統中.
可以根據不斷變化的氣候環境和不同的入流水質.有意識地改變濕地系統的運行參數和運行方式.從而實現對濕地系統的操控.以達到出水水質穩定的目的。比如，可以控制入流的流速，或者根據水質情況設置循環，使含有某一污染物的污水在濕地的某一特定區城被循環處理.以充分利用這一區域的特定凈化能力。另外，填充對某污染物具有特定吸附能力的襯層也是有效的選擇。在必要的情況下，也可以使用加熱、添加化學物質或曝氣等非常規方法;而在種植植物方面，應該選擇具有相應生物修復能力的植物。工程濕地還可以同其他處理工藝結合起來，從而降低各自的負荷提高系統總的凈化能力。
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